Освобождение от НДС медицинских организаций

Льгота держится на двух опорах. Первая — подпункт 2 пункта 2 статьи 149 НК: от налога освобождены услуги по диагностике, профилактике и лечению, оказанные населению, независимо от формы и источника оплаты. Вторая — перечень из постановления Правительства от 20.02.2001 № 132: для услуг населению по диагностике, профилактике и лечению проверьте этот перечень, а кроме них статья 149 отдельно называет другие освобождённые медицинские услуги, например скорую помощь населению и дежурство медицинского персонала у постели больного.

Второе условие — лицензия на конкретные виды медицинской деятельности. Требования к работам и услугам для лицензирования задаёт приказ Минздрава от 19.08.2021 № 866н. Практический вывод простой: сверяйте не название услуги в прайсе, а её место в перечне № 132 и наличие строки в лицензии.

Внутри одной клиники соседствуют освобождённые и облагаемые операции. Приёмы и процедуры из перечня № 132 идут без НДС, а аренда помещения, продажа сопутствующих товаров, услуги, которых нет в перечне, облагаются по общей ставке — с 1 января 2026 года это 22 % (пункт 3 статьи 164 НК).

Отказаться от льготы нельзя. Если клиника выставила счёт-фактуру с выделенным НДС по освобождённой услуге, налог придётся заплатить в бюджет — это подпункт 1 пункта 5 статьи 173 НК. Поэтому счета-фактуры по медицинским услугам населению не выставляют, а суммы отражают в разделе 7.

Освобождение не привязано к налоговому режиму. Клиника или предприниматель на упрощённой системе с доходом за 2025 год выше 20 млн рублей тоже вправе не платить НДС с медицинских услуг из перечня № 132 — при той же лицензии. Это подтверждает разъяснение ФНС от 11.02.2026.

Если организация уже успела перейти на ставку 5 % и начисляла налог, дальше она работает без НДС по статье 149. За квартал, где налог начислили ошибочно, раздел 3 не заполняют: медицинские услуги населению показывают в разделе 7, а счета-фактуры, выставленные юридическим лицам, — в разделе 12, и НДС из них платят в бюджет.

Освобождение касается выручки, а не закупок. Входной НДС по товарам и услугам, которые куплены для освобождённой деятельности, к вычету не принимается и включается в стоимость — это общее правило статьи 171 НК. Так что НДС на медицинское оборудование клиника, работающая только по льготе, в бюджет не возвращает, а закладывает в цену аппарата.

Если кроме медицины есть облагаемые операции, ведут раздельный учёт и распределяют входной налог по общехозяйственным расходам пропорционально выручке. Когда доля расходов на освобождённые операции не превышает 5 %, весь входной НДС по общим расходам можно принять к вычету. Методику распределения закрепляют в учётной политике.